นับตั้งแต่เปิดตัวในทศวรรษ 1970 การวิเคราะห์จุลินทรีย์ได้รับการพัฒนาและปรับปรุงอย่างต่อเนื่อง ในขั้นต้นจะใช้สำหรับการตรวจหาตัวอย่างสิ่งแวดล้อมเป็นหลัก และต่อมาค่อย ๆ ขยายไปสู่สาขาการแพทย์ การเกษตร วิศวกรรมชีวภาพ ฯลฯ ด้วยความก้าวหน้าอย่างต่อเนื่องของเทคโนโลยีชีวภาพ การวิเคราะห์จุลินทรีย์จึงได้รับการคิดค้นและปรับปรุงอย่างต่อเนื่อง กลายเป็นวิธีการวิเคราะห์ที่สำคัญ .
