หลักการพื้นฐานของการวิเคราะห์จุลินทรีย์คือการใช้คุณลักษณะและหน้าที่ของจุลินทรีย์เพื่อทำการวิเคราะห์เชิงคุณภาพและเชิงปริมาณของสารประกอบในตัวอย่าง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง สารประกอบในตัวอย่างที่จะทดสอบจะถูกแปลงเป็นผลิตภัณฑ์ที่ตรวจพบได้โดยการลดทางชีวภาพของจุลินทรีย์ การออกซิเดชันทางชีวภาพ และปฏิกิริยาอื่นๆ จากนั้นความเข้มข้นของสารประกอบในตัวอย่างจะถูกคำนวณโดยการวัดปริมาณของผลิตภัณฑ์
ขั้นตอนการทำงานของการวิเคราะห์จุลินทรีย์ประกอบด้วยขั้นตอนหลักๆ ดังต่อไปนี้:
1. การเก็บตัวอย่าง: รวบรวมตัวอย่างที่เป็นตัวแทนตามวัตถุประสงค์และข้อกำหนดของการวิเคราะห์
2. การปรับสภาพตัวอย่าง: ปรับสภาพตัวอย่างที่รวบรวมไว้ล่วงหน้า รวมถึงการบด การทำให้เป็นเนื้อเดียวกัน และขั้นตอนอื่นๆ เพื่อให้สารประกอบในตัวอย่างถูกปลดปล่อยออกมาอย่างเต็มที่
3. การปลูกเชื้อและการเพาะเลี้ยงจุลินทรีย์: ปลูกเชื้อตัวอย่างที่ผ่านการบำบัดแล้วลงในอาหารเลี้ยงเชื้อจุลินทรีย์เฉพาะ ควบคุมอุณหภูมิและความชื้นที่เหมาะสม และปล่อยให้จุลินทรีย์เติบโตและสืบพันธุ์
4. กำหนดปริมาณของผลิตภัณฑ์: ในระหว่างการเจริญเติบโตและการสืบพันธุ์ของจุลินทรีย์ จะมีการผลิตสารเมตาบอไลต์จำนวนหนึ่ง ความเข้มข้นของสารประกอบในตัวอย่างถูกกำหนดโดยการวัดปริมาณของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ วิธีการกำหนดทั่วไป ได้แก่ การวัดสี การเรืองแสง แมสสเปกโตรเมทรี ฯลฯ
