ขั้นตอนการทำงานของการวิเคราะห์จุลินทรีย์ประกอบด้วยขั้นตอนหลักๆ ดังต่อไปนี้:
การเก็บตัวอย่าง: รวบรวมตัวอย่างที่เป็นตัวแทนตามวัตถุประสงค์และข้อกำหนดของการวิเคราะห์
การปรับสภาพตัวอย่าง: ปรับสภาพตัวอย่างที่เก็บรวบรวมไว้ล่วงหน้า รวมถึงการบด การทำให้เป็นเนื้อเดียวกัน และขั้นตอนอื่นๆ เพื่อให้สารประกอบในตัวอย่างถูกปลดปล่อยออกมาอย่างเต็มที่
การเพาะเชื้อและการเพาะเลี้ยงจุลินทรีย์: เพาะเชื้อตัวอย่างที่ผ่านการบำบัดแล้วลงในอาหารเลี้ยงเชื้อจุลินทรีย์เฉพาะ ควบคุมอุณหภูมิและความชื้นที่เหมาะสม และปล่อยให้จุลินทรีย์เติบโตและสืบพันธุ์
กำหนดปริมาณของผลิตภัณฑ์: กำหนดปริมาณของผลิตภัณฑ์ในระหว่างการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ และคำนวณความเข้มข้นของสารประกอบในตัวอย่างโดยการวัดปริมาณของผลิตภัณฑ์
